Mikroorganizmlar ekologiyasi atrof-muhit bilan o'zaro ta'sirini tushunishga yordam beradi. Bu mavzu biologik xilma-xillik, evolyutsiya va tabiiy muvozanatni o'rganishda asosiy rol o'ynaydi. Mikroorganizmlar yer yuzasidagi biomassa miqdorining 90% ni tashkil etadi