Anatoksinlar - ekzotoksinlarni zararsizlantirsh orqali olinadi. 0,1% formalin va temperatura ta’siri orqali tayyorlanadi. Difteriya, qoqshol, botulizm anatoksinlari va ilon, o’simlik zaxarlariga qarshi anatoksinlar ishlatiladi. Vaksinalar maxsus tanlab olingan mikroorganizmlarni shtamlaridan tayyorlanadi, bunday shtamlardan avirulentligi va yuqori darajada immunogenligi bilan farq qiladi.